De drie overwegen De Joncheerelaan, de Meijboomstraat en de G. van de Muelenweg worden dan buiten dienst gesteld. Na de bouw van het Combiplan rijdt de trein verdiept door Nijverdal, de overwegen komen niet meer terug. Vanaf 14 december 2009 tot december 2012 is er geen treinverkeer mogelijk in Nijverdal en ziet een treinreis tussen Zwolle en Enschede er anders uit.
De stoptrein uit Enschede rijdt tot aan het huidige station Nijverdal en de stoptrein vanuit Zwolle rijdt tot aan het tijdelijke station Nijverdal-West, dat ProRail heeft gebouwd ter hoogte van het zwembad Het Ravijn. Tussen beide stations rijdt een NS-pendelbus, aansluitend op de dienstregeling. NS adviseert doorgaande treinreizigers om te reizen via Deventer.